ISLA DE PERROS cuenta la historia de un niño de doce años, ATARI KOBAYASHI, pupilo del corrupto alcalde Kobayashi. Cuando, por orden ejecutiva, todas las mascotas caninas de la ciudad de Megasaki son desterradas a la Isla Basura, Atari cruzará el río que los separa a bordo de su aeronave turbo hélice junior, emprendiendo la búsqueda en solitario de su perro guardián, Spots.  Una vez allí, con la ayuda de sus nuevos amigos caninos, comenzará una odisea épica que decidirá el futuro y el destino de la mismísima Prefectura.